Более новые версии pkg требуют разных настроек конфигурации.
Если вы обновляетесь из старой версии pkg, вы можете получить следующую ошибку каждый раз, когда используете pkg:
pkg: PACKAGESITE in pkg.conf is deprecated. Please create a repository configuration file
то вам нужно удалить опцию PACKAGESITE из /usr/local/etc/pkg.conf и создать файл /usr/local/etc/pkg/repos/FreeBSD.conf со следующим содержимым:
FreeBSD: { url: "pkg+http://pkg.FreeBSD.org/${ABI}/latest", mirror_type: "srv", enabled: yes }